Почему Эдо переименовали в Токио?

Потому что он стал столицей. С 1603 года фактическими правителями Японии были сёгуны из клана Токугава, чья резиденция располагалась в Эдо.

Императорская столица находилась тогда в Киото (японское произношение «Кёто», в переводе - «стольный город»). В 1868 году, после того как власть сёгунов была свергнута, император перебрался в Эдо, расположенный восточнее Киото, и переименовал его в Токио, или, точнее, Токё, «восточная столица». А Киото еще некоторое время называли Сайкё, «западная столица».